Protokollerne indeholder resuméer af de indkomne sager og sagsbehandlingen samt de faldne resolutioner. I 2. sekretariats referatprotokoller] findes der bl.a. sager om erstatning for krigsskader efter 1807-bombardementet.
Sagerne er ført kronologisk, og påført et fortløbende journalnummer. Forrest i protokollen er et alfabetisk sag- og navneregister, der henviser til sagens journalnummer. Sager der strækker sig over en længere periode, kan være fremakteret til et senere journalnummer.
journalnummeret fungerer også som indgang til resolutionsprotokollerne.
"HPR" (Hoved Protocol) efterfulgt af et journalnummer og år henviser til tidligere eller senere sager.
A = 1. halvår B = 2. halvår
Er indgang til - Arkivserier, som denne serie kan anvendes som søgemiddel til (3)
