”De 32 Mænds Collegium” overtog det første legat til bestyrelse i 1767. De 32 Mænd bestyrede legaterne, enten ved at formanden og de fire ældste i forsamling afgjorde sagerne, eller ved at de behandlede sagerne og derefter forelagde dem for forsamlingen til godkendelse. Forsamlingen afgjorde nogle få sager direkte. Fra 1806 blev administrationen varetaget af en legatsekretær.
Da borgerrepræsentationen blev oprettet i 1840, blev der nedsat en legatkomite, som bestod af tre medlemmer af borgerrepræsentationen. Derefter blev en legatkomite valgt hvert år. I 1865 blev legatkomiteen ændret til legatudvalget. Udvalget gennemgik sagerne og afgjorde dem eller indstillede dem til godkendelse i borgerrepræsentationen.
Fordi legatkapitalen efterhånden voksede betydeligt, blev stillingen som legatsekretær nedlagt i 1880 og i stedet blev et legatkontor oprettet for de legater, som borgerrepræsentationen bestyrede. I 1972 blev sagsbehandlingen og en del arkivalier overført til magistratens 1. afdeling, som i forvejen administrerede de legater, der hørte under magistraten.
Da Magistratsstyret blev nedlagt i 1998, blev legaterne lagt under Øvrighedskontoret i Kultur- og Frihedsforvaltningen.
Regelgrundlag for Borgerrepræsentationen, Legatkontoret:
Anordning af l. januar 1840
Borgerrepræsentationens forhandlinger: 1879-80, s. 442 f., 475 f., 509
Kommunalbestyrelsens beslutning af 22. juni 1972