Kæmneren var oprindeligt et eller to medlemmer af Magistraten, som førte tilsyn med byens indtægter og udgifter. Kæmneriet fik sin første forordning af 5. april 1581 med en bestemmelse om, at to af byens borgere skulle udpeges til at være kæmnere som et borgerligt ombud. Kæmnerne blev udpeget for to år ad gangen.
I forbindelse med omorganiseringen af Magistraten i 1801 blev magistratens virksomhed fordelt på fire hovedområder, de såkaldte hovedfag. Kæmneriet blev lagt ind under 3. hovedfag sammen med andre lignende opgaver som f.eks. skatteopkrævning, lønninger samt syns- og taksationsforretninger.
Indførelsen af magistratsstyre i 1857 fik også konsekvenser for byens kasse- og regnskabsvæsen. Kæmneren blev fra 1862 omdøbt til at være økonomiforvalter, og kasse- og regnskabsvæsnet blev lagt ind under Magistratens 2. afdeling (Bogholderkontoret, Skattekontoret, Skatterådet og Ejendomsdirektoratet).
