Fra 1915 fungerede sundhedskommissionen som epidemikommission for København. Miljøbeskyttelsesloven ophævede imidlertid sundhedskommissionerne fra 1. oktober 1974 og epidemiloven blev ændret, så epidemikommissionen blev en selvstændig institution fra samme dato. Kommissionen bestod af politidirektøren, som var formand, stadslægen og tre medlemmer valgt af kommunalbestyrelsen for fire år ad gangen. Fra 1979 bestod Epidemikommissionen af politidirektøren, en embedslæge udpeget af embedslægeinstitutionen, en dyrlæge udpeget af veterinærdirektoratet, en distriktstoldchef udpeget af direktoratet for toldvæsenet, samt tre medlemmer valgt af kommunalbestyrelsen. Politidirektøren var formand for kommissionen. Der blev ikke udpeget suppleanter.
I 1980 blev Karantænekommissionen føjet til, og i 1998 kom epidemikommissionen under Sundhedsforvaltningen. I 2007 overgik kommissionen til Region hovedstaden.
Regelgrundlag for Epidemikommissionen: Lov nr. 138 af 10. maj 1915 om foranstaltninger mod smitsomme sygdommes udbredelse (Epidemiloven) Lov nr. 381 af 13. juni 1973 om embedslægeinstitutionerne m.v. Lov nr. 114 af 21. marts 1979 om foranstaltninger mod smitsomme sygdomme (Epidemilov)
