Efter den store brand i København i 1795, blev det besluttet, at nogle af gaderne skulle udvides. I forlængelse af det, blev der nedsat en kommission til at udarbejde et forslag om, hvordan der kunne skaffes midler til erstatning for grundejere, som mistede en del af deres areal. Kommissionen skulle også stille forslag om, hvordan der kunne skaffes midler til at forbedre brandvæsenet.
Kommissionens forslag blev, at der skulle oprettes en afbetalings- og rentefond. Forslaget blev godkendt. Midlerne skulle dels komme fra realisation af byggepladser i Rosenborg have (hvor Kronprinsessegade senere blev anlagt), som kongen havde skænket. Dels skulle administrationen af Bidstrup Gods forbedres, og til det formål blev en særlig kommission nedsat.
Andre indtægter skulle findes ved salg eller bedre udnyttelse af stadens udenbys grunde, ved at fonden fik en del af passagepengene fra byens porte, ved besparelser, ved forsikringssummen fra rådhuset, ved halvdelen af renovationskassens indtægter med mere.
Fondens bestyrelse blev overladt til Erstatningsfondskommissionen. Kommissionen skulle hvert år indberette om deres aktiviteter til kongen, og når deres arbejde var slut, skulle den aflevere sit arkiv til Københavns Magistrat.
I 1804 blev en ansøgning fra en del af Nikolaj sogns beboere om genopførelse af kirken afslået ved kongelig resolution. Samtidig fik Erstatningsfondskommissionen til opgave at overtage kirkens ruin. De skulle komme med forslag om, hvad der skulle ske med dens kapital og gældforpligtelser, sørge for at tårnet blev sat i stand, og at grunden blev bebygget.
Kommissionen skulle efter den oprindelige beregning først have løst sine opgaver i 1830, men allerede i 1812 mente kommissionen, at den havde fuldendt sit hverv. Først to år senere fik den bemyndigelse til at opløse sig.
Regelgrundlag for Erstatningsfondskommissionen:
Reskript af 20. april 1796
Kongelig resolution af 11. september 1795
Kongelig resolution af 14. december 1804
