Skolen blev oprettet som friskole i 1895 under navnet Hellig Kors Kirkes Skole. I 1915 blev skolen kommuneskole, da borgerrepræsentationen besluttede at ophæve betalt skolegang og skellet mellem betalings- og friskoler forsvandt. I 1941 skiftede skolen navn til Hellig Kors Skole.
Den 1. april 1945 blev Hellig Kors Skole beslaglagt af den tyske besættelsesmagt, der benyttede den til at huse tyske flygtninge. Skolen blev atter rømmet den 20. december 1945.
1. august 2008 blev skolen sammenlagt med Blågårdskolen under navnet Blågård Skole.
